人口230万人を抱える「学園都市」。そこでは人口の８割を占める学生全員を対象に、超能力の開発実験が行われていた。そんな学生たちの頂点に立ち、最強といわれる七人の｢超能力者(レベル５)｣の第３位、｢超電磁砲｣の異名を持つ御坂美琴。彼女は持ち前の性格と電撃能力で、学園都市で起こる様々な事件に乗り込んでいく!!