希望の巨人クリスタルマンが死んで８年ーーその巨大な骸はあの日のまま、未だこの街にもたれ掛かっている。人類は本当に平和というものを手に入れることができたのか？希望の日というクリスタルマンの命日、生き残った者が未来のために犠牲になった人たちへ黙祷を捧げるなか、防衛庁神谷恵介補佐官の元、ある計画が動き出す。かつてクリスタルマンと共に闘った野崎洋平の元にクリスタルペンという光るペンが届けられ……。