三重県伊賀市に住む、お嬢様気取りのお嬢様・服部志乃は、クラスメイトと孤立しがち。友達を作るなんて時間の無駄だと考え、孤独な学生時代を過ごしていた。ある日、机の中に「放課後、体育館の裏で会おう」と書かれた謎の手紙を見つける。気になりつつも半信半疑で指定された場所へ向かった志乃は、そこで忍者を夢見る少女・上野カンナと出会う！ カンナは熱烈に志乃を忍術修行（通称・忍者ごっこ）に誘うが、真面目な志乃はきっぱりと断る。しかし、カンナは簡単には諦めず、忍術（あるいはそれに似たもの）を使って志乃を翻弄し、巻き込んでいく…！ 孤独なお嬢様と、元気いっぱいの“忍者志望”少女が織りなす、心温まる、お茶目な学園コメディ！